Здравствуйте!
Цитата: мы оформляем все необходимые документы для командировки и оплачиваем только суточные?
Верно.
Цитата: Не будут ли проверяющие органы задавать вопросы?
Нет, не будут.
Командировочные расходы: учитываем суточныеЦитата: Размер суточных каждая компания устанавливает по своему усмотрению и закрепляет выбранную величину в коллективном договоре или локальном нормативном акте (ст. 168 ТК РФ). Суточные возмещаются работнику за каждый день нахождения в командировке, включая выходные и нерабочие праздничные дни, а также за дни нахождения в пути, в том числе за время вынужденной остановки в пути. Это следует из пункта 11 Положения об особенностях направления работников в служебные командировки (далее — Положения о командировках), утвержденных Постановлением Правительства РФ 13.10.08 № 749.В отличие от всех остальных командировочных расходов, по суточным работник отчитываться не должен. То есть он не обязан представлять документы подтверждающие, на какие цели были израсходованы эти средства.Правда, стоит отметить, что иногда столичные налоговики неверно трактуют законодательство, полагая, что работник должен представлять документы (счета, кассовые и товарные чеки и т п.), подтверждающие расходование суточных.Одно из таких разъяснений содержится, в письме УФНС по г. Москве от 24.03.09 № 16-15/026454. Правда, вышестоящее налоговое ведомство опровергло данный вывод, отметив, что «необходимость подтверждения расходования суточных конкретными чеками, квитанциями или другими расходными документами отсутствует и из требований налогового законодательства не вытекает» (письмо ФНС от 03.12.09 № 3-2-09/362). Аналогичной позиции придерживаются и в Минфине (письма от 24.11.09 № 03-03-06/1/770, от 01.04.10 № 03-03-06/1/206).
Остальные расходы требует подтверждения.
В вашем случае поскольку нет документов, нет и возмещения произведенных расходов.
Инструкция по оформлению командировок и учету командировочных расходовЦитата: Стоимость проезда до места командировки и обратно можно включить в расходы на основании подпункта 12 пункта 1 статьи 264 НК РФ. При этом «входной» НДС можно принять к вычету (п. 7 ст. 171 НК РФ).При возмещении командированному сотруднику расходов на дорогу не нужно удерживатьНДФЛ (п. 3 ст. 217 НК РФ) и платить страховые взносы (ч. 2 ст. 9 Федерального закона от 24.07.09 № 212-ФЗ).Однако вышеприведенные нормы можно применить только в том случае, если затраты на проезд подтверждены первичными документами.На практике у бухгалтеров постоянно возникают вопросы, можно ли принять в качестве подтверждения тот или иной документ.Если работник добирался на рейсовом транспорте, то ему придется предоставить проездной билет. При этом не обязательно, чтобы билет был установленной формы. Главное, чтобы на нем стояли реквизиты, подпись и печать перевозчика, а также наименование пунктов отправления и прибытия, цена (постановление ФАС Дальневосточного округа от 22.08.12 № Ф03-3467/2012).
Цитата: Сумму, потраченную на наем жилья для командированного работника, организация может учесть при налогообложении прибыли. Также компания вправе списать стоимость дополнительных услуг, оказанных гостиницей (за исключением баров и ресторанов, обслуживания в номерах, а также саун и фитнес-центров). Об этом говорится в подпункте 12 пункта 1 статьи 264 НК РФ. «Входной» НДС по жилью разрешено принять к вычету (п. 7ст. 171 НК РФ).При возмещении сотруднику расходов на жилье не нужно удерживать НДФЛ (п. 3 ст. 217НК РФ) и платить страховые взносы (ч. 2 ст. 9 Федерального закона от 24.07.09 № 212-ФЗ).Однако вышеприведенные нормы можно применить только в ситуации, когда затраты на жилье подтверждены первичными документами.А именно — бланком строгой отчетности, самостоятельно разработанным гостиницей. В нем обязательно должны быть реквизиты, которые перечислены в пункте 3 положения, утвержденного постановлением правительства РФ от 06.05.08 № 359**. Кроме того, в бланке должна быть выделена сумма НДС.На практике налоговики часто предъявляют претензии в случае, когда на гостиничном документе стоит несуществующий, либо «чужой» ИНН. Но арбитражная практика по данному вопросу положительна для налогоплательщиков (см., например, постановления ФАС Северо-Западного округа от 15.11.12 № А52-1635/2012, ФАС Уральского округа от 08.08.12 № Ф09-6736/12).В случае, если командированный работник заплатил за жилье при помощи карты, он должен приложить к авансовому отчету «бумажные» документы, подтверждающие факт оплаты. К таким документам относится, в частности, слип и квитанция электронного терминала (письмо Минфина России от 06.10.17 № 03-03-06/1/65253).Если же работник потерял подтверждающий документ или вовсе не получал его, так как проживал в частном секторе, то расходы в налоговом учете отразить нельзя, равно как нельзя и принять НДС к вычету. НДФЛ с суммы возмещения нужно удержать с величины, превышающей 700 руб. за каждый день при командировке внутри страны, и с величины, превышающей 2 500 руб. за каждый день загранкомандировки. Страховые взносы необходимо начислить на всю сумму неподтвержденных расходов на жилье. Об этом сообщили специалисты Минздравсоцразвития России от 11.11.10 № 3416-19